MATERI PERKULIAHAN BAGIAN II
(Dilaksanakan setelah mid semester)

  • Pengenalan sistem operasi Linux dan Free & Open Source Software (FOSS)
  • Berbagai software aplikasi di Linux dan Windows untuk pengajaran dan penelitian kimia, klik DI SINI
  • Praktek instalasi linux (Ubuntu/Blankon)
  • Praktek instalasi software aplikasi kimia di Ubuntu/Blankon
  • Praktek menggunakan aplikasi kimia di Ubuntu/Blankon
  • Praktek instalasi software aplikasi elearning (moodle/Joomla/Edmodo/Wordpress/WebMO atau lainnya)
  • Praktek membuat blog pendidikan menggunakan Wordpress, klik DI SINI
  • Tutorial Membuat Blog Wordpress-1: Download DI SINI
  • Tutorial Membuat Blog Wordpress-2: Download DI SINI
  • Web Programming: HTML dan JavaScript: Download materi
  • Praktek pemrograman aplikasi Android menggunakan Eclipse. Klik link materi DI SINI

Sabtu, 15 Oktober 2011

Software Kimia dalam ubuntu 11.10

Daftar software kimia yang ada dalam paket Ubuntu 11.10 adalah sebagai berikut:

  1. adun.app
    Molecular Simulator for GNUstep
  2. apbs
    Adaptive Poisson Boltzmann Solver
  3. avogadro
    Molecular Graphics and Modelling System
  4. bkchem
    Chemical structures editor
  5. bodr
    Blue Obelisk Data Repository
  6. chemeq
    Parser for chemical formula and equilibria
  7. chemical-mime-data
    chemical MIME and file type support for desktops
  8. chemical-structures
    set of molecular structures in open formats
  9. chemtool
    Chemical structures drawing program
  10. drawxtl
    crystal structure viewer
  11. easychem
    Draw high-quality molecules and 2D chemical formulas
  12. gabedit
    graphical user interface to Ab Initio packages
  13. galculator
    A GTK+ 2.0 based calculator
  14. gamgi
    General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI)
  15. garlic
    A visualization program for biomolecules
  16. gausssum
    parse and display Gaussian, GAMESS, and etc's output
  17. gchempaint
    2D chemical structures editor for the GNOME2 desktop
  18. gcrystal
    lightweight crystal structures visualizer
  19. gcu-bin
    GNOME chemistry utils (helper applications)
  20. gcu-plugin
    GNOME chemistry utils (browser plugin)
  21. gdis
    molecular and crystal model viewer
  22. gdpc
    visualiser of molecular dynamic simulations
  23. gelemental
    Periodic Table viewer
  24. ghemical
    GNOME molecular modelling environment
  25. gperiodic
    periodic table application
  26. gromacs
    Molecular dynamics simulator, with building and analysis tools
  27. gromacs-mpich
    Molecular dynamics sim, binaries for MPICH parallelization
  28. gromacs-openmpi
    Molecular dynamics sim, binaries for OpenMPI parallelization
  29. jmol
    Molecular Viewer
  30. kalzium
    periodic table and chemistry tools for KDE
  31. katomic
    atomix puzzle game
  32. libcdk-java
    Chemistry Development Kit (CDK) Java libraries
  33. massxpert
    linear polymer mass spectrometry software
  34. mopac7-bin
    Semi-empirical Quantum Chemistry Library (binaries)
  35. mpqc
    The Massively Parallel Quantum Chemistry Program
  36. mpqc-support
    Support programs and tools for MPQC
  37. openbabel
    Chemical toolbox utilities (cli)
  38. pdb2pqr
    Preparation of protein structures for electrostatics calculations
  39. psi3
    Quantum Chemical Program Suite
  40. pymol
    Molecular Graphics System
  41. python-openbabel
    Chemical toolbox library (python bindings)
  42. qutemol
    Package not available
  43. rasmol
    Visualize biological macromolecules
  44. v-sim
    Visualize atomic structures
  45. viewmol
    A graphical front end for computational chemistry programs.
  46. xbs
    3-d models and movies of molecules
  47. xdrawchem
    Chemical structures and reactions editor
  48. xmakemol-gl
    Package not available
  49. xmakemol
    A program for visualizing atomic and molecular systems
  50. abinit
    molecular dynamic simulations

Jika ingin meng-install keseluruhan secara langsung dan anda memiliki akses internet yang stabil dan besar, silahkan ketik di terminal perintah berikut:

sudo apt-get install abinit adun.app apbs autodock avogadro bkchem bist bodr chemeq chemical-mime-data chemical-structures chemtool clustalw clustalx cp2k drawxtl easychem emboss freediams gabedit gamgi galculator garlic gausssum gchempaint gcrystal gcu-bin gcu-plugin gdis gdpc gdpc-examples gelemental ghemical gperiodic gri gromacs gromacs-mpich gromacs-openmpi gvb ifrit jemboss jmol kalzium katomic libcdk-java kstars mafft maq massxpert mayavi2 meep melting melting-gui merkaartor mgltools-dejavu mgltools-geomutils mgltools-mglutil mgltools-molkit mgltools-pmv mgltools-pyautodock mgltools-pybabel mgltools-scenario mgltools-sff mgltools-support mgltools-viewerframework mgltools-vision mmass molden molekel montecarlo-base mopac7-bin mpqc mpqc-support muscle mustang nwchem openbabel openmx openuniverse ovito pdb2pqr planets primer3 proda propka psi3 pymca pymol python-openbabel qutemol rasmol rasmol-doc raster3d rnahybrid rocs science-bci science-distributedcomputing science-electrophysiology science-machine-learning science-nanoscale-physics science-nanoscale-physics-dev science-neuroscience-modeling science-psychophysics seq-gen stellarium stellarium-data stimfit tinker v-sim v-sim-plugins viewmol vmtk pspp worldwind xbs xdrawchem xmakemol xmakemol-gl xyscan zimpl


Jika suatu saat akses internet terputus, maka ulangi lagi perintah di atas, maka install akan menyambung lagi bagian yang terputus, artinya tidak memulai dari nol lagi. Begitu seterusnya kalau internet terputus lagi.

Tidak ada komentar:

Posting Komentar

FORM ISIAN DATA MAHASISWA Untuk pendataan mahasiswa peserta mata kuliah "Program Komputer untuk Pengajaran Kimia Berbasis ICT", silahkan anda ikuti/klik link berikut:

FORM ISIAN DATA MAHASISWA

Terima kasih atas partisipasi anda! Semoga sukses selalu untuk anda!
KIMUX: Paket Aplikasi Kimia - Linux

Kimux 1.01 hydrogen adalah rilis perdana paket aplikasi kimia linux yang merupakan remastering distro Ubuntu 11.04. Kimux ini dibuat untuk membantu para pengguna pemula linux yang tidak ingin direpotkan dengan instalasi linux dan aplikasi kimia yang begitu banyak. Hanya dengan instalasi Kimux maka akan diperoleh paket linux beserta aplikasi kimia yang tinggal pakai. Pengembangan sekarang ini sudah sampai edisi Kimux 1.02 hydrogen yang merupakan perbaikan dan penambahan aplikasi dari edisi sebelumnya.
Jadwal Shalat
Data Masjid dan Penentuan Arah Kiblat