MATERI PERKULIAHAN BAGIAN II (Dilaksanakan setelah mid semester)

Pengenalan sistem operasi Linux dan Free & Open Source Software (FOSS)
Berbagai software aplikasi di Linux dan Windows untuk pengajaran dan penelitian kimia, klik DI SINI
Praktek instalasi linux (Ubuntu/Blankon)
Praktek instalasi software aplikasi kimia di Ubuntu/Blankon
Praktek menggunakan aplikasi kimia di Ubuntu/Blankon
Praktek instalasi software aplikasi elearning (moodle/Joomla/Edmodo/Wordpress/WebMO atau lainnya)
Praktek membuat blog pendidikan menggunakan Wordpress, klik DI SINI
Tutorial Membuat Blog Wordpress-1: Download DI SINI
Tutorial Membuat Blog Wordpress-2: Download DI SINI
Web Programming: HTML dan JavaScript: Download materi
Praktek pemrograman aplikasi Android menggunakan Eclipse. Klik link materi DI SINI

Tampilkan postingan dengan label linux. Tampilkan semua postingan

Minggu, 27 November 2011

Ringkasan Command Line

Panduan Perintah Dasar Linux

Linux terinspirasi oleh sistem operasi Unix yang pertama kali muncul pada tahun 1969, dan terus digunakan dan dikembangkan sejak itu. Banyak dari konvensi desain untuk Unix juga terdapat pada Linux, dan bagian penting untuk memahami dasar-dasar dari sistem Linux.

Orientasi utama dari Unix adalah penggunaan antarmuka baris perintah, dan warisan ini ikut terbawa ke Linux. Jadi antarmuka pengguna berbasis grafik dengan jendela, ikon dan menunya dibangun di atas dasar antarmuka baris perintah. Lagipula, hal ini berarti bahwa sistem berkas Linux tersusun agar dapat dengan mudah dikelola dan diakses melalui baris perintah.

Sumber Belajar Perintah Dasar

Pertama – halaman manual perintah.
- man <perintah> : menampilkan semua informasi tentang perintah.
- <perintah> help : menampilkan opsi yang tersedia dari sebuah perintah.
Kedua – Buku dan Internet.

Perintah Penanganan File

mkdir - membuat direktori.

sintaks :
```
mkdir [OPTION] DIRECTORY...
```
contoh :
```
$ mkdir data
```

ls - menampilkan isi dari direktori.

sintaks :
```
ls [OPTION]... [FILE]...
```
contoh :
```
$ ls -ls
```

cd - berpindah direktori.

sintaks :
```
cd [DIRECTORY]
```
contoh :
```
$ cd data
```

pwd - menampilkan tempat direktori yang sedang dikerjakan.

sintaks :
```
$ pwd
```

cp - mengcopy file dan direktori.

sintaks :
```
cp [OPTION]... SOURCE DEST
```

contoh :

$ cp sample.txt sample_copy.txt

$ cp sample_copy.txt target_dir

mv - memindahkan atau merubah nama file.

sintaks :
```
mv [OPTION]... SOURCE DEST
```

contoh :

$ mv source.txt target_dir

$ mv old.txt new.txt

rm - menghapus file atau direktori.

sintaks :
```
rm [OPTION]... FILE...
```
contoh :
```
$ rm file1.txt , rm rf some_dir
```

find - mencari file dalam sebuah direktori.

sintaks :
```
find [OPTION] [path] [pattern]
```
contoh :
```
$ find file1.txt, find name file1.txt
```

touch - Update waktu akses dan modifikasi setiap BERKAS ke waktu sekarang. Argumen FILE yang tidak ada menjadi ada kosong.

sintaks:
```
touch [OPTION]... FILE...
```
contoh :
```
$ touch done
```

file - menentukan jenis file.

sintaks:
```
file [OPTION...] [FILE...]
```
contoh :
```
$ file ubuntu-desktop.pdf
```

locate - menemukan atau mencari file.

sintaks :
```
locate [OPTION]... FILE...
```
contoh :
```
$ locate file1.txt
```

whereis - locate the binary, source, and manual page files for a command.

sintaks :

whereis [-bmsu] [-BMS directory...  -f] filename...

contoh :
```
$ whereis ssh
```

Pola

Pola adalah ungkapan yang menggambarkan satu set string yang digunakan untuk memberikan gambaran ringkas dari sebuah himpunan, tanpa harus daftar semua elemen. contoh : ab*cd cocok apa pun yang dimulai dengan ab dan diakhiri dengan cd dll.

$ ls *.txt

artinya mencetak semua file yang berekstensi .txt (file teks)

Pemrosesan Teks

cat - menggabungkan file dan cetak pada keluaran standar.

sintaks :
```
cat [OPTION] [FILE]...
```

contoh :

$ cat avatar.avi.001 avatar.avi.002 > avatar.avi

$ cat readme.txt

echo - menampilkan baris teks.

sintaks :
```
echo [OPTION] [string] ...
```
contoh :
```
$ echo I love Indonesia
```
```
$ echo $HOME
```

grep - mencetak baris yang cocok dengan pola.

sintaks :
```
grep [OPTION] PATTERN [FILE]...
```
contoh :
```
$ grep i apple sample.txt
```

wc - mencetak jumlah baris, kata, dan byte di file.

sintaks :
```
wc [OPTION]... [FILE]...
```
contoh :
```
$ wc file1.txt
```

sort - mengurutkan file teks baris.

sintaks :
```
sort [OPTION]... [FILE]...
```
contoh :
```
$ sort file1.txt
```

md5sum - compute and check MD5 message digest.

sintaks :
```
md5sum [OPTION]... [FILE]...
```

contoh :

$ md5sum LinuxMint-5-Fluxbox.iso > md5sums

$ md5sum -c md5sums

Linux File Permissions

3 jenis file permission – read, write, execute 10 bit format dari perintah 'ls -l' 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 file type owner group others contoh : drwxrwr owner berarti memiliki semua tiga hak akses, group mempunyai izin membaca dan menulis, others hanya mempunyai izin membaca. read - 4, write - 2, execute - 1 contoh :

rwxrwr   = 764

Sistem Administrasi

chmod - mengubah hak akses file.

sintaks :
```
chmod [OPTION] [MODE] [FILE]
```
contoh :
```
$ chmod 744 calculate.sh
```

chown - mengubah pemilik file dan group.

sintaks :

chown [OPTION]... OWNER[:[GROUP]] FILE...

contoh :
```
$ chown ugos myfile.txt
```

su - mengubah user ID atau menjadi super-user.

sintaks :
```
su [OPTION] [LOGIN]
```
contoh :
```
$ su ugos
```
```
$ su
```

passwd - update token otentikasi pengguna.

sintaks :
```
passwd [options] [LOGIN]
```
contoh :
```
$ passwd ugos
```

who - menunjukkan siapa yang login.

sintaks :
```
who [OPTION]
```
contoh :
```
$ who
```

Managemen Proses

ps - laporan snapshot dari proses saat ini.

sintaks :
```
ps [OPTION]
```
contoh :
```
$ ps ax
```

kill - untuk membunuh proses (menggunakan mekanisme sinyal).

sintaks :
```
kill [OPTION] pid
```
contoh :
```
$ kill 9 2275
```

lsusb - daftar perangkat USB.

sintaks :
```
$ lsusb
```

jobs - menampilkan nama dan id latar belakang pekerjaan.

sintaks :
```
$ jobs
```

top - tampilan tugas Linux.

sintaks :

top -hv | -bcisSH -d delay -n iterations [-u user | -U user] -p pid [,pid ...]

contoh :
```
$ top
```

clear - menghapus layar terminal.

sintaks :
```
$ clear
```

free - menampilkan jumlah memori yang bebas dan digunakan dalam sistem.

sintaks :

free [-b | -k | -m | -g] [-o] [-s delay ] [-t] [-V]

contoh :
```
$ free -m
```

Arsip

tar - ke arsip file.

sintaks :
```
tar [OPTION] DEST SOURCE
```

contoh :

$ tar cvf original.tar original/

$ tar -cpvf original.tar.gz original/

$ tar xvf original.tar

$ tar xjvf original.tar.bz2

bzip2 - kompresor blok-menyortir file.

sintaks :
```
bzip2 [OPTION] FILE...
```

contoh :

$ bzip2 original.mp3

$ bzip2 -d original.mp3.bz2

zip - paket dan kompres (arsip) file.

sintaks :
```
zip [OPTION] DEST SOURCE
```
contoh :
```
$ zip -r original.zip original/
```

rar - arsip file dengan kompresi.

sintaks :

rar <command> [-<switch 1> -<switch N>] archive [files...]

contoh :
```
$ rar original.rar original
```

unzip - daftar, test dan ekstrak file yang dikompresi dalam sebuah ZIP archive.

sintaks :

unzip [-Z] [-opts[modifiers]] file[.zip] [list] [-x xlist] [-d exdir]

contoh :
```
$ unzip original.zip
```

unrar - daftar, test dan ekstrak file yang dikompresi dalam sebuah RAR archive.

sintaks :

unrar <command> -<switch 1> -<switch N> <archive> <files...> <@listfiles...> <path_to_extract>

contoh :
```
$ unrar -x original.rar
```

7z - Sebuah pengarsipan file dengan rasio kompresi tertinggi.

sintaks :

7z <command> [<switches>...] <archive_name> [<file_names>...] [<@listfiles...>]

contoh :
```
$ 7z e original.7z
```

Jaringan

ssh - SSH client (remote login program) "ssh adalah program untuk login ke mesin remote dan untuk mengeksekusi perintah pada mesin remote".

sintaks :
```
ssh [options] [user]@hostname
```
contoh :
```
$ ssh -l guest 10.105.11.20
```

scp - secure copy (copy file program remote) "scp salinan file antara host pada jaringan".

sintaks :

scp [options] [[user]@host1:file1] [[user]@host2:file2]

contoh :
```
$ scp file1.txt guest@ip_address:~/ 
```

ifconfig - mengkonfigurasi perangkat jaringan.

sintaks :

ifconfig [-a] [-v] [-s] <interface> [[<AF>] <address>]

contoh :
```
$ ifconfig
```

iwconfig - mengkonfigurasi perangkat jaringan nirkabel.

sintaks :
```
iwconfig [interface]
```
contoh :
```
$ iwconfig
```

wget - Downloader non-interaktif jaringan.

sintaks :
```
wget [option]... [URL]...
```

contoh :

$ wget -c http://repo.ugm.ac.id/iso/ubuntu/10.04/ubuntu-10.04-netbook-i386.iso

netstat - Cetak koneksi jaringan, tabel routing, statistik interface, koneksi masquerade, dan keanggotaan multicast.

sintaks :
```
netstat [-vWeenNcCF] [<Af>] -r
```
contoh :
```
$ netstat
```

mtr - tool diagnostik jaringan.

sintaks :

mtr [-hvrwctglspniu46] [--help] [--version] [--report]

contoh :
```
$ mtr google.co.id
```

iftop - menampilkan penggunaan bandwidth pada sebuah perangkat ethernet oleh host.

sintaks :

iftop -h | [-nNpbBP] [-i interface] [-f filter code] [-F net/mask]

contoh :
```
# iftop -i eth0
```

File Systems

fdisk - partisi manipulator.

sintaks :
```
fdisk [options] <disk>
```
contoh :
```
# fdisk l
```

mount - mount file system.

sintaks :
```
mount t type device dir
```
contoh :
```
# mount /dev/sda5 /media/target
```

umount - unmount file system.

sintaks :
```
umount [OPTIONS] dir | device...
```
contoh :
```
# umount /media/target
```

du - estimasi sintaks kapasitas file.

sintaks :
```
du [OPTION]... [FILE]...
```
contoh :
```
$ du -h
```

df - diskfile, laporan sintaks kapasitas hardisk.

sintaks :
```
df [OPTION]... [FILE]...
```
contoh :
```
$ df -h
```

eject - eject removable media

sintaks :
```
eject [OPTION]
```
contoh :
```
$ eject
```
```
$ eject -t
```

Editor perintah

nano - Nano, editor lainnya, yang bebas disempurnakan Pico clone.

sintaks:
```
nano [OPTIONS] [[+LINE,COLUMN] FILE]..
```
contoh :
```
$ nano readme.txt
```

pico - sebuah program editor teks yang ditingkatkan.

sintaks:
```
pico [OPTIONS] [[+LINE,COLUMN] FILE]..
```
contoh :
```
$ pico readme.txt
```

vi - program text editor.

sintaks :
```
vi [OPTION] [file]...
```
contoh :
```
$  vi hello.c
```

vim - Vi Improved, program text editor.

sintaks :
```
vim [OPTION] [file]...
```
contoh :
```
$  vim hello.c
```

Perintah Advanced

reboot - reboot sistem.

sintaks :
```
reboot [OPTION]
```
contoh :
```
# reboot
```

halt - shutdown komputer.

sintaks :
```
# halt
```

shutdown - shutdown komputer.

sintaks :
```
shutdown [OPTION]
```
contoh :
```
# shutdown -h now
```

sed - stream editor untuk penyaringan dan mengubah teks.

sintaks :
```
sed [OPTION] [inputfile]...
```
contoh :
```
$ sed 's/love/hate/g' loveletter.txt 
```

awk - pola scanning dan pengolahan bahasa.

contoh :

$ awk F: '{ print $1 }' sample_awk.txt

watch - menjalankan program secara berkala, menunjukkan output fullscreen.

sintaks :
```
watch [OPTION] <command>
```
contoh :
```
$ watch lsusb
```

alias - membuat alias dari sebuah perintah.

sintaks:
```
alias [name[=value] ... ]
```
contoh :
```
$ alias dir='ls -l'
```

screen - layar manajer dengan emulasi terminal VT100/ANSI.

sintaks :
```
screen [-opts] [cmd [args]]
```
contoh :
```
$ screen -S ugos
```

lshw - list hardware.

sintaks :
```
lshw [-format] [-options ...]
```
contoh :
```
$ lshw -C network
```

dmidecode - DMI table decoder

sintaks :
```
dmidecode [OPTIONS]
```
contoh :
```
# dmidecode --type memory
```

uptime - menampilkan berapa lama sistem telah berjalan.

sintaks :
```
$ uptime
```

split - membagi file menjadi potongan-potongan.

sintaks :
```
split [OPTION]... [INPUT [PREFIX]]
```
contoh :
```
$ split -b 200MB avatar.avi avatar.avi.
```

espeak - Sebuah perangkat lunak multi-lingual speech synthesizer.

sintaks :
```
espeak [options] [<words>]
```
contoh :
```
$ espeak -s 80 "Linux"
```

aplay - command-line perekam suara dan pemutar untuk driver soundcard ALSA.

sintaks :
```
aplay [OPTION]... [FILE]...
```
contoh :
```
$ aplay -l
```
```
$ aplay donw.wav
```

arecord - command-line perekam suara untuk driver soundcard ALSA.

sintaks :
```
arecord [OPTION]... [FILE]...
```

contoh :

$ arecord -f cd -t raw | lame -x -r – out.mp3

lsb_release - cetak distribusi informasi spesifik.

sintaks :
```
lsb_release [options]
```
contoh :
```
$ lsb_release -a
```

cal - menampilkan sebuah kalender.

sintaks :
```
cal [-hjy] [[month] year]
```
contoh :
```
$ cal 4 2011
```

date - mencetak atau mengatur tanggal dan waktu sistem.

sintaks :
```
date [OPTION]... [+FORMAT]
```

contoh :

# date 041520152011

artinya Apr 15 8:15 2011

history - menampilkan perintah-perintah yang sudah digunakan.

sintaks :
```
$ history
```

bc - bahasa kalkulator.

sintaks :

bc [ -hlwsqv ] [long-options] [  file ... ]

contoh :
```
$ bc
```

Jumat, 25 November 2011

Memasang VMD dari File Binary

Salah satu aplikasi kimia yang sering dipakai sebagai viewer dalam komputasi adalah software VMD.

"VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting"

Untuk memasang VMD dalam Blankon/Ubuntu/Linux perlu dilakukan langkah-langkah berikut:

1. Download source code VMD dari website-nya yaitu http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9/files/final/vmd-1.9.bin.LINUX.opengl.tar.gz

2. Masuk ke terminal dengan klik Aplikasi --> Aksesoris --> Terminal atau tekan "Ctrl+Alt+T"

3. Masuk ke direktori tempat download file VMD

4. Ekstrak file tersebut dengan ketik: tar -xvf vmd-1.9.bin.LINUX.opengl.tar.gz

5. Masuk ke folder hasil ekstrak file VMD, ketik cd vmd-1.9

6. Baca file README dengan ketik: gedit README

Perhatikan bagian akhir file: Quick Installation Instructions

7. Perhatikan langkah-langkah instalasi berikut:

Quick Installation Instructions

-------------------------------------------------

Detailed instructions for compiling VMD from source code

can be found in the programmer's guide.

The Windows version of VMD is distributed as a self-extracting

archive, and should be entirely self explanatory.

The native MacOS X version of VMD is packaged as a disk image and is

extracted by opening the disk image, and dragging the "VMD" application

contained inside into an appropriate directory.

For quick installation of the binary distribution for Unix do the following:

1) Uncompress and untar the distribution into a working directory.

In this working directory, there are several subdirectories such

as bin, src, doc, data, as well as this README and a configure script.

Change to this working directory after the unpacking is complete.

2) Edit the file 'configure'; change the values for

the $install_library_dir and $install_bin_dir to a directory in

which vmd data files and executables should be installed, be sure

that you installing into a clean target directory and not overwriting

an existing version of VMD (which would otherwise give problems):

$install_bin_dir is the location of the startup script 'vmd'.

It should be located in the path of users interested in running VMD.

$install_library_dir is the location of all other VMD files.

This included the binary and helper scripts. It should not be

in the path.

3) A Makefile must be generated based on these configuration variables

by running "./configure".

4) After configuration is complete, cd to the src directory,

and type "make install". This will install VMD in the two

directories listed above. Note that running "make install"

twice will print error messages because you are attempting to

overwrite some read-only files. Similarly, if you have incorrectly

specified the target installation directories or attempt to overwrite

an existing VMD installation, you will get error messages.

5) When installed, type 'vmd' to start (make sure the

$install_bin_dir directory is in your path).

8. Baca file "configure", perhatikan bagian awalnya:

#!/usr/bin/env perl

# Usage: configure [ optionlist ] (See full option description down below)

# Perl 5.x must be in your path, and /usr/bin/env must exist in order

# for this to work correctly.

##############################################################################

# User modifiable installation parameters, can be overridden by env variables

##############################################################################

# Name of shell script used to start program; this is the name used by users

$install_name = "vmd";

# Directory where VMD startup script is installed, should be in users' paths.

$install_bin_dir="/usr/local/bin";

# Directory where VMD files and executables are installed

$install_library_dir="/usr/local/lib/$install_name";

# optionally override hard-coded defaults above with environment variables

if ($ENV{VMDINSTALLNAME}) {

$install_name = $ENV{VMDINSTALLNAME}

}

if ($ENV{VMDINSTALLBINDIR}) {

$install_bin_dir = $ENV{VMDINSTALLBINDIR}

}

if ($ENV{VMDINSTALLLIBRARYDIR}) {

$install_library_dir = $ENV{VMDINSTALLLIBRARYDIR}

}

9. Okay, sekarang masuk ke folder vmd-1.9

10.ketik: ./configure

11. masuk ke folder "src" dengan ketik: cd src

12. ketik: make install

13. Biarkan sampai instalasi selesai

14. untuk menjalankan software VMD ketik: vmd [Enter]

15. Selamat berlatih!

Sabtu, 15 Oktober 2011

Software Kimia dalam ubuntu 11.10

Daftar software kimia yang ada dalam paket Ubuntu 11.10 adalah sebagai berikut:

adun.app
Molecular Simulator for GNUstep
apbs
Adaptive Poisson Boltzmann Solver
avogadro
Molecular Graphics and Modelling System
bkchem
Chemical structures editor
bodr
Blue Obelisk Data Repository
chemeq
Parser for chemical formula and equilibria
chemical-mime-data
chemical MIME and file type support for desktops
chemical-structures
set of molecular structures in open formats
chemtool
Chemical structures drawing program
drawxtl
crystal structure viewer
easychem
Draw high-quality molecules and 2D chemical formulas
gabedit
graphical user interface to Ab Initio packages
galculator
A GTK+ 2.0 based calculator
gamgi
General Atomistic Modelling Graphic Interface (GAMGI)
garlic
A visualization program for biomolecules
gausssum
parse and display Gaussian, GAMESS, and etc's output
gchempaint
2D chemical structures editor for the GNOME2 desktop
gcrystal
lightweight crystal structures visualizer
gcu-bin
GNOME chemistry utils (helper applications)
gcu-plugin
GNOME chemistry utils (browser plugin)
gdis
molecular and crystal model viewer
gdpc
visualiser of molecular dynamic simulations
gelemental
Periodic Table viewer
ghemical
GNOME molecular modelling environment
gperiodic
periodic table application
gromacs
Molecular dynamics simulator, with building and analysis tools
gromacs-mpich
Molecular dynamics sim, binaries for MPICH parallelization
gromacs-openmpi
Molecular dynamics sim, binaries for OpenMPI parallelization
jmol
Molecular Viewer
kalzium
periodic table and chemistry tools for KDE
katomic
atomix puzzle game
libcdk-java
Chemistry Development Kit (CDK) Java libraries
massxpert
linear polymer mass spectrometry software
mopac7-bin
Semi-empirical Quantum Chemistry Library (binaries)
mpqc
The Massively Parallel Quantum Chemistry Program
mpqc-support
Support programs and tools for MPQC
openbabel
Chemical toolbox utilities (cli)
pdb2pqr
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
psi3
Quantum Chemical Program Suite
pymol
Molecular Graphics System
python-openbabel
Chemical toolbox library (python bindings)
qutemol
Package not available
rasmol
Visualize biological macromolecules
v-sim
Visualize atomic structures
viewmol
A graphical front end for computational chemistry programs.
xbs
3-d models and movies of molecules
xdrawchem
Chemical structures and reactions editor
xmakemol-gl
Package not available
xmakemol
A program for visualizing atomic and molecular systems
abinit
molecular dynamic simulations

Jika ingin meng-install keseluruhan secara langsung dan anda memiliki akses internet yang stabil dan besar, silahkan ketik di terminal perintah berikut:

sudo apt-get install abinit adun.app apbs autodock avogadro bkchem bist bodr chemeq chemical-mime-data chemical-structures chemtool clustalw clustalx cp2k drawxtl easychem emboss freediams gabedit gamgi galculator garlic gausssum gchempaint gcrystal gcu-bin gcu-plugin gdis gdpc gdpc-examples gelemental ghemical gperiodic gri gromacs gromacs-mpich gromacs-openmpi gvb ifrit jemboss jmol kalzium katomic libcdk-java kstars mafft maq massxpert mayavi2 meep melting melting-gui merkaartor mgltools-dejavu mgltools-geomutils mgltools-mglutil mgltools-molkit mgltools-pmv mgltools-pyautodock mgltools-pybabel mgltools-scenario mgltools-sff mgltools-support mgltools-viewerframework mgltools-vision mmass molden molekel montecarlo-base mopac7-bin mpqc mpqc-support muscle mustang nwchem openbabel openmx openuniverse ovito pdb2pqr planets primer3 proda propka psi3 pymca pymol python-openbabel qutemol rasmol rasmol-doc raster3d rnahybrid rocs science-bci science-distributedcomputing science-electrophysiology science-machine-learning science-nanoscale-physics science-nanoscale-physics-dev science-neuroscience-modeling science-psychophysics seq-gen stellarium stellarium-data stimfit tinker v-sim v-sim-plugins viewmol vmtk pspp worldwind xbs xdrawchem xmakemol xmakemol-gl xyscan zimpl

Jika suatu saat akses internet terputus, maka ulangi lagi perintah di atas, maka install akan menyambung lagi bagian yang terputus, artinya tidak memulai dari nol lagi. Begitu seterusnya kalau internet terputus lagi.

KIMUX: Paket Aplikasi Kimia - Linux

Kimux 1.01 hydrogen adalah rilis perdana paket aplikasi kimia linux yang merupakan remastering distro Ubuntu 11.04. Kimux ini dibuat untuk membantu para pengguna pemula linux yang tidak ingin direpotkan dengan instalasi linux dan aplikasi kimia yang begitu banyak. Hanya dengan instalasi Kimux maka akan diperoleh paket linux beserta aplikasi kimia yang tinggal pakai. Pengembangan sekarang ini sudah sampai edisi Kimux 1.02 hydrogen yang merupakan perbaikan dan penambahan aplikasi dari edisi sebelumnya.